L’idea di un Museo universitario a carattere storico-medico nasce nella seconda metà del Settecento, quando l'Imperatrice Maria Teresa d'Austriasi occuperanno della rinascita e del rifiorire dell’antica Università di Pavia.
L’attuale allestimento della struttura museale occupa quella che fu la sede della Facoltà di Medicina, adiacente all’antico Teatro anatomico intitolato ad Antonio Scarpa, risalente agli anni trenta. Il Museo fu infatti creato nel 1932 per accogliere il materiale esposto nella mostra in occasione del primo centenario della morte di Scarpa, fondatore della Scuola Anatomica pavese.
Il museo è suddiviso in due sezioni:
- la sezione dedicata alla Medicina (composta dalla sala Scarpa, dalla sala Porta, dalla sala Golgi);
- la sezione dedicata alla Fisica (composta dalla sala Volta e dalla sala dell'Ottocento).
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